手術方式目前各大醫院仍有爭議,對於微小乳頭狀癌,大多采用一側腺葉加峽部切除術,對於多發癌需行雙側甲狀腺全切,濾泡狀癌需行雙側甲狀腺全切,對於有頸部淋巴結轉移的需作清掃,對於沒有頸部淋巴結轉移的通常不做預防性清掃。甲狀腺乳頭狀癌和濾泡狀癌術後應服用甲狀腺素,並達到內分泌抑制狀態,以維持甲狀腺功能及預防復發。
對於腫瘤沒有侵犯甲狀腺包膜也無淋巴結轉移,可不做碘-131治療;如果已發現淋巴結受累或病灶突破甲狀腺包膜,或發現有遠處轉移,通常建議行碘131治療,可以有效清除殘餘病灶和轉移灶,尤其對乳頭狀與濾泡狀甲狀腺癌。